結論から申し上げますと、上記のような「勤務手当」は「通常の労働時間の賃金」とは認められませんので、割増賃金の計算の基礎には算入しません。
労働基準法において、「使用者が労働時間を延長し、又は休日に労働させた場合においては、その時間又はその日の労働については、通常の労働時間又は労働日の賃金の計算額の2割5分以上5割以下の範囲内でそれぞれ政令で定める率以上の率で計算した割増賃金を支払わなければならない。」とされています。
さらに、今回の場合のような、いわゆる「法定内残業」(実働8時間になるまでの残業で法定の時間外労働には該当しない残業)として定額支給している「勤務手当」について割増賃金の基礎に含めるかどうかですが、これには下記のような通達があります。
:法定内残業に対して支払われる手当:(要点抜粋)
1、所定労働時間外手当(所定労働時間1日7時間である事業所で所定労働時間を超え、法定労働時間に至るまでの労働時間)に対する賃金として、本給のほかに一定月額の手当を定め個々の労働者が所定労働時間外をするしないにかかわらず、これを支給することは、その手当の金額が不当に低額でない限り差し支えない。
2、前記1の手当は、通常の労働時間の賃金とは認められないから、割増賃金の基礎に算入しなくても差し支えない。
つまり、午後5時終業後、午後6時までの1時間については、法定内残業であって、従業員との協議のうえ、残業の有無にかかわらず、所定労働時間の賃金を基準として一律に支給している「勤務手当」は実態は所定労働時間外の手当であり、「通常の労働時間の賃金」とは認められないので、通達どおり、割増賃金の基礎に算入しなくても差し支えないということです。
なお、労働者との協議後、決定されたこととはいえ、トラブル防止のためには、就業規則への記載、周知徹底がされているかの確認をお勧めします。